Struktur organisasi Fakultas Pertanian Universitas Pattimura dirancang secara sistematis untuk mendukung pelaksanaan tri dharma perguruan tinggi yang efektif dan terintegrasi. Di tingkat pimpinan tertinggi, Dekan memegang komando utama dengan pertimbangan strategis dari Senat Fakultas. Dalam menjalankan operasional harian, Dekan dibantu oleh tiga Wakil Dekan yang membawahi bidang-bidang spesifik, yaitu Bidang Akademik, Bidang Umum, Kepegawaian, & Keuangan, serta Bidang Kemahasiswaan & Alumni. Penjaminan mutu internal dan tata kelola administrasi didukung penuh oleh Gugus Jaminan Mutu, Audit Mutu Internal, serta Koordinator Pokja Tata Usaha.

Pada pilar operasional akademik dan keilmuan, struktur dibagi ke dalam Jurusan yang menaungi Program Studi serta Laboratorium/Bengkel/Lahan Percobaan guna menunjang kegiatan pembelajaran dan riset. Selain itu, fungsi pengembangan akademik, penelitian, dan pengabdian masyarakat diperkuat oleh keberadaan Unit Pelaksana Teknis (UPT), Kelompok Dosen Keahlian (KDK), serta Pusat Studi. Keseluruhan struktur ini saling berinteraksi secara dinamis untuk memastikan seluruh layanan akademik, tata kelola sumber daya, dan pembinaan kemahasiswaan berjalan secara optimal.